İşğaldan azad olunan Kəlbəcər rayonu gözəl təbiəti, əlverişli relyefi, zəngin yeraltı və yerüstü təbii ehtiyatları, böyük müalicəvi təsirə malik mineral su yataqları, çayları və gölləri ilə tanınır. Rayonun ərazisində Böyük Alagöl, Kiçik Alagöl, Qanlıgöl, Dibgöl, Əyrigöl, Naxırgöl, Böyükgöl kimi bir çox göllər mövcuddur.
Ekologiya və Təbii Sərvətlər Nazirliyinin əməkdaşı Faiq Mütəllimov bildirib ki, Qarabağın ən böyük gölləri olan Böyük Alagöl və Kiçik Alagöl Kəlbəcər rayonu ərazisindəki Şərqi və Cənubi Göyçə silsiləsi arasında yerləşir. Göllər vulkan püskürmələri və çayların qabağının kəsilməsi nəticəsində əmələ gəlib.
“Böyük Alagöl dəniz səviyyəsindən 2729 metr yüksəklikdə yerləşir, sahəsi 510 hektar, uzunluğu 3670 metr, maksimal dərinliyi 9,4 metrdir.
Böyük Alagölün hövzəsində yay vaxtı quruyan göllər də daxil olmaqla 30-dək göl var. Bunlardan ən böyüyü Kiçik Alagöl, Cilligöl və Dikpilləkən göldür. Gölün səthi noyabrın əvvəlindən aprelin sonunadək qalınlığı bir metrədək buzla örtülür. İyun-avqust aylarında suyun temperaturu 14-15 dərəcə olur”. 
F.Mütəllimov bildirib ki, Böyük Alagölə 7 çay tökülür. Bunlardan ən böyüyü Qurbağalı və Azadçaydır.
“Kəlbəcərin ikinci ən böyük gölü olan Kiçik Alagöl isə Böyük Alagöldən 2 km cənub-şərqdə yerləşir. Sahəsi 0,9 km², uzunluğu 2000 metr, maksimal dərinliyi 4 metr olan gölün çox hissəsi susevən bitkilərlə örtülüdür. Suyu Böyük Alagölə tökülür.
Gölün əsas suyunu bir neçə kiçik çayın suları təşkil edir və suyunun artmasında yeraltı sular müəyyən rol oynayır. Yay aylarında gölün suyunun səthində temperatur 14-16 dərəcədədən yüksək olmur. Suyu hidrokarbonatlı-kalsiumludur. Oktyabrın axırlarından mayın əvvəllərinə qədər gölün səthi buzla örtülü olur”. 
Nazirliyin əməkdaşı onu da bildirib ki, rayonun ərazisindən irili-xırdalı çoxlu çay axır, ən böyük çayları Tərtər və Xaçındır. 
“Uzunluğu 200 km olan Tərtərçay Kür çayının Azərbaycandan keçən hissəsində ən çox sululuğa malik qoludur.  Mənbəyini dağ bulaqlarından götürür, əsasən yeraltı sular hesabına formalaşır”.
F.Mütəllimovun sözlərinə görə Kəlbəcər rayonundakı mövcud su  ehtiyatları yenidən öyrəniləcək və qiymətləndiriləcək.  скачать dle 12.1